Hij studeerde in Leiden maar haalde zijn diploma op de universiteit van Harderwijk. Een kwestie van geld, waarschuwing, in Gelderland was dat een stuk goedkoper.
Maar carrière maakte hij toch wel in de Sleutelstad. Arts, anatoom, scheikunde, botanicus, hoogleraar en later rector magnificus, directeur ook van de Hortus botanicus daar.
Hij is vooral bekend als arts omdat hij orde schiep in de chaos op dat gebied in die tijd. Door allerlei ontdekkingen veranderde het denken binnen deze wetenschap. De kennis vanuit de ervaringen vanaf de oude Grieken waren terzijde geschoven. Boerhaave combineerde oud en nieuw en bracht daarmee het medisch handelen weer in rustiger vaarwater. Zijn manier van denken wordt tot op heden in de opleidingen gebruikt.
Hij werd bekend tot ver buiten de landsgrenzen. Vorsten en de paus consulteerden hem. Als botanicus begeleidde hij de later wereldberoemd geworden Carl Linnaeus.
